MEGA Simulation anvender eksisterende procesmodeller der er beskrevet med MEGA Process og gemt i MEGA Repository. Med MEGA Simulation kan flere scenarier per proces evalueres og analyseres, hvormed man opnår et dynamisk og målbart resultat. Der kan opbygges en række scnearier for en enkelt isoleret proces, eller for hele kæder af processer. Gennem identikatorer kan man linke simuleringsresultater med målsætninger i et optimeringsprojekt.